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航运学院前身为1945年11月11日在广东汕头成立的广东省立潮汕高级商船职业学校,1953年迁至湖北武昌三层楼,更名为武汉河运学校,1978年更名为武汉河运专科学校,设有船舶驾驶、轮机管理、水运管理和无线电通讯等4个系,共有10余个专业。

1992年9月,武汉河运专科学校与武汉水运工程学院合并,更名为“武汉水运工程学院航运学院”。1994年4月,武汉水运工程学院更名为武汉交通科技大学。2000年5月8日,武汉工业大学、武汉交通科技大学和武汉汽车工业大学合并组建武汉理工大学,航运学院成为武汉理工大学所属的23个教学单位之一。