科学研究是高等学校的基本职能和任务,开展高层次创新人才的必要前提和条件，是向国家、行业提供科技服务、推动行业科技进步的重要方式，也是学院学科内涵和核心竞争力的重要组成部分。航运学院积极开展科学研究工作，以科学研究支撑学科发展，服务人才培养。坚持“面向海洋、河海兼顾”的办学方向，注重科学研究和产学研成果转化，依托交通行业特色，围绕交通环境与安全保障、智能航海与导航技术、船舶与海洋污染防治等研究方向，积极承担国家重大科技任务、促进国际科技合作、引领行业科技发展、服务区域经济建设，形成了科技创新特色优势领域。

近10年来，学院先后承担国家重点研发计划项目、国家自然科学基金项目、国家工信部科技专项、湖北省自然科学基金、交通运输部科技项目、湖北省重大技术专项、海事局科技项目及企事业单位委托的横向项目等超过2000项，累计科研经费近9亿元。截止2020年，在国内外学术期刊和国际学术会议上发表学术论文600多篇，其中SCI、EI和CPC收录的论文180多篇，获各类省部级科技奖项20余项，出版教材学术专著50余部。